Melalui pertimbangan bahwa para pemuda-pemudi di Buton setamat SMA harus keluar pulau Buton untuk melanjutkan pendidikan tinggi di Kendari, Makassar dan di pulau Jawa. Keadaan tersebut pasti membutuhkan dana yang cukup besar dan memberatkan para orang tua sedangkan kondisi masyarakat Buton pada umumnya masih sederhana dengan kemampuan ekonomi sangat terbatas. Atas pertimbangan tersebut maka:
Tahun 1982, Drs. H. La Ode Manarfa, Drs. La Ode Malim dan beberapa tokoh masyarakat Buton di Jakarta berinisiatif mendirikan sebuah perguruan tinggi di Bau-Bau, guna meningkatkan kualitas pendidikan dan sumber daya manusia di daerah Buton dan sekitarnya.
Dibentuklah Yayasan Pembina Universitas Dayanu Ikhsanuddin dihadapan Notaris Bebasa Daeng Lewang pada tanggal 23 Januari 1982 (No. 122 tanggal 23 Januari 1982). Susunan para pendiri Yayasan adalah:
- Drs. H La Ode Manarfa
- Drs. La Ode Malim
- Ny. Hj. Wa Ode Daawia Manarfa
- La Ode Rasyid Manarfa
- Ir. H. Abdul Madjid Sarah
- Ny. Hj. Wa Ode Almama Manarfa Madjid
- Ir. Madjid Ige
Sebagai Rektor Pertama ditunjuk Drs. La Ode Malim yang mulai merintis pembukaan Universitas Dayanu Ikhsanuddin di Bau-Bau sejak awal 1983 hingga akhir hayatnya tahun 1985. Izin Terdaftar Universitas Dayanu Ikhsanuddin di peroleh pada tahun 1986 sesuai Surat Keputusan Mendikbud No. 0533/O/1986 tanggal 5 Agustus 1986. Pada tahun 1995 diadakan perubahan susunan pengurus Yayasan Pembina Universitas Dayanu Ikhsanuddin sesuai akta Notaris (Pembantu) AM. Kasim Siruhu SH No. 25 tanggal 22 Mei 1995, menjadi sebagai berikut:
- Penasehat: Drs. H. La Ode Manarfa
- Ketua Umum: Wa Ode Maasra Manarfa Sjamsul Qamar, S.Sos
- Ketua I: dr. H. L.M Izzat Manarfa M.Sc
- Ketua II: Wa Ode Muzida Asis, S.Sos
- Sekretaris I: Hj. Wa Ode Zalmat Manarfa, S.H
- Sekretaris II: Drs. Rasiu
- Bendahara I: Hj. Wa Ode Almama Abdul Madjid Sarah
- Bendahara II: L.A Banioe
- Komisaris Utama: Ir. Abdul Madjid Sarah (mengundurkan diri dari Yayasan pada bulan Oktober 2002 berkenan dengan pencalonan diri sebagai Rektor Universitas Dayanu Ikhsanuddin 2002)
- Anggota: Hj. Wa Ode Daawia Manarfa
Setelah meninggalnya Drs. La Ode Malim pada tahun 1985, Ir. L.M Sjamsul Qamar. MT ditunjuk sebagai pelaksana Rektor sampai ditetapkan Rektor Definitif yakni Drs. H. La Ode Manarfa pada tahun 1986. Drs. H. La Ode Manarfa menjalankan tugas sebagai Rektor ke-2 sampai akhir tahun 2002.
Dengan berakhirnya masa tugas Drs. La Ode Manarfa sebagai Rektor ke-2, pada akhir Tahun 2002 dilakukan pemilihan Rektor untuk menetapkan jabatan Rektor ke-3 Universitas Dayanu Ikhsanuddin. Sesuai keputusan Rapat Senat Universitas tanggal 30 Desember 2002 ditetapkan Ir. H. Abdul Madjid Sarah sebagai Rektor ke-3. Pelantikan Ir. Abdul Madjid Sarah sebagai Pejabat Rektor ke-3 dilakukan oleh Ketua Yayasan Pembina Unidayan pada tanggal 06 Januari 2003 yang dihadiri oleh Koordinator Kopertis Wil. IX Sulawesi (Dr. H. Abdul Rauf Patong ) dan beberapa petinggi daerah Buton.
Nama Universitas Dayanu Ikhsanuddin diambil dari nama Sultan Buton ke ke-6 yaitu La Elangi dengan gelar "Sultan Dayanu Ikhsanuddin". Dayanu Ikhsanuddin adalah seorang tokoh besar [Buton] yang melahirkan konsep Murtabat Tujuh yang dikenal hingga kini. Konsep yang dilahirkannya terimplementasi ke dalam sistem ketatanegaraan [Kesultanan Buton] dan sistem adat istiadat masyarakat [Buton] dan pada masa kini menjadi objek penelitian dari berbagai pakar baik dalam maupun luar negeri.